Le financement du comité Scientifique Français de la Désertification est assuré conjointement par le Ministère des Affaires étrangères et le Ministère de l'Ecologie et du Développement durable.
Les chercheurs et universitaires membres du Comité participent gracieusement à ses activités. Les fonds ont tout d'abord été géré par l'IRD, puis, à partir de 2001, par Agropolis, qui met également à disposition un bureau à Montpellier pour le secrétariat du Comité.
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